Từ ngày 28 tháng 12 năm 1945 đến ngày 4 tháng 1 năm 1946, bảy người làm việc cho Wehrmacht Đức bị một tòa án quân sự Liên Xô tại Leningrad đưa ra xét xử. Một người trong số đó, Arno Diere, bị buộc tội tham gia vào việc đào các hố chôn tập thể tại Katyn trong các vụ xử bắn. Diere, người bị buộc tội dùng súng máy xử bắn tại các làng Liên xô, thú nhận tham gia vào việc chôn cất (dù không phải tham gia vào việc hành quyết) 15-20 nghìn tù binh chiến tranh Ba Lan tại Katyn. Vì việc này anh ta thoát chết và bị kết án 15 năm lao động khổ sai. Lời khai của anh ta đầy những điều vô lý, và vì thế anh ta đã không được sử dụng như một nhân chứng cho bên nguyên trong Tòa án Nürnberg. Trong một bức thư ngày 29 tháng 11 năm 1954 anh ta đã rút lời thú tội, tuyên bố rằng mình đã bị những người điều tra buộc phải thú nhận.[66]

Tại hội nghị Luân Đôn để lập ra các bản cáo trạng cho các tội ác chiến tranh của Đức trước các phiên tòa Nuremberg, những nhà đàm phán Liên xô đã đưa ra cáo buộc, "Vào tháng 9 năm 1941, 925 sĩ quan Ba Lan đang là tù binh chiến tranh đã bị xử bắn tại Rừng Katyn gần Smolensk." Những nhà đàm phán Hoa Kỳ đồng ký đưa vào cáo buộc này, nhưng "cảm thấy bối rối" với việc đó (lưu ý rằng cáo buộc đã được tranh luận rất nhiều trên báo chí) và kết luận rằng người Liên xô có trách nhiệm phải chứng minh điều đó.[67] Tại các cuộc xét xử năm 1946, Tướng Liên Xô Roman Rudenko, nêu ra cáo trạng, nói rằng "một trong những hành động tội ác quan trọng nhất mà các tội phạm chiến tranh chủ chốt phải chịu trách nhiệm là việc xử bắn hàng loạt các tù binh chiến tranh Ba Lan trong rừng Katyn gần Smolensk của những kẻ xâm lược Phát xít Đức,"[68] nhưng không thể hoàn thành việc tố tụng và các thẩm phán Hoa Kỳ và Anh đã loại bỏ các cáo buộc.[69] Phiên tòa không có mục đích quyết định liệu nước Đức hay Liên bang Xô viết phải chịu trách nhiệm về tội ác, mà để buộc tội cho ít nhất một trong những bị đơn, là điều mà tòa không thể làm.[70]